El Tribunal de Comptes ha acordat l'obertura de judici en relació amb un suposat pagament il.legal de diners per professors de la Universitat de Barcelona, durant l'exercici de 2003, que treballaven en altres institucions. En aquests moments el rector era Joan Tugores, que va ocupar el càrrec entre els anys 2001 i 2005. Segons la comunicació sobre l'assumpte publicada al Butlletí Oficial de l'Estat, s'informa que al Tribunal de Comptes "se segueix judici comptable amb motiu del possible descobert produït en els fons de la Universitat de Barcelona com a conseqüència de les irregularitats detectades en el cobrament per determinats professors, de retribucions per part de la Universitat de Barcelona, els quals estaven prestant els seus serveis com a càrrecs de comandament en institucions alienes a la Universitat de Barcelona durant l'exercici 2003".